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分清真菌病害、細菌病害和病毒病這三種病害，對於藥劑防治選擇來說是十分重要的。不同藥劑防治不同病害，能殺真菌的藥劑未必能防病毒，能治病毒的又管不了細菌。由於能夠使植物生病的真菌是一些絲狀體，細菌是單細胞，病毒是沒有細胞結構的分子生物，他們的新陳代謝方式以及脾氣秉性也有很大區別，對症的藥劑也就不同了。
怎樣區分真菌、細菌和病毒病害呢？
    首先是看症狀類型。通常我們把生病植物變化分成5大類型，就是腐爛、壞死、變色、萎蔫、畸形。由於真菌的種類很多，不同真菌能夠造以上5類病狀，其中最常見的是壞死和腐爛，如玉米葉斑病、小麥銹病、大白菜黑斑病等各種形狀的葉斑病，壞死發生在根部或莖杆上就形成枯萎病、根腐病；細菌通常破壞細胞壁，讓細胞內的物質外滲或阻塞水和營養物質在植物體內運輸，所以主要造成腐爛、萎蔫症狀；而病毒侵入植物一般不會立刻殺死植物，主要是改變植物生長發育過程，引起植株顏色或形狀的改變，我們叫它變色和畸形。
    真菌和細菌都可以造成腐爛病，怎樣區分它們呢？細菌造成的腐爛往往出水很多，爛成一灘泥，而真菌造成的腐爛有的較乾有的濕潤，上面常常長出各種顏色的黴層或小黑點、小黑粒。另一個區別是細菌造成的腐爛發出臭味，真菌病害沒有臭味，有衣物發黴甚或發酵的香味。
    同樣是葉斑病，如何區分呢？由於細菌破壞植物的細胞壁、細胞膜，使細胞內物質滲到細胞間，這樣就變得透明，所以細菌病害的病斑很像水浸或油浸狀，邊緣有點透明。濕潤條件下，能夠在發病部位看到亮黃色小珠子，是細菌的菌膿。真菌病害會長一些黴層或小黑粒，病毒病斑的表面什麼東西都不長。由於傳播方式的差異，他們在田間的分佈也會不同。真菌與細菌和水關係密切，真菌與細菌病害的分佈常與流水、淹水、雨滴飛濺有關；病毒病害常和傳毒昆蟲的活動有關。觀察病害田間分佈情況，也可以間接推測病害種類。